Ecole thématique organisée sous l'égide du Groupe de Graphisme et de Modélisation Moléculaire (GGMM)
28 mai-1 juin 2018 Nantes (France)

Intervenants

Par ordre alphabétique:

 

Alexandre M. J. J. Bonvin

ABonvin

Professeur à l'Université d'Utrecht (Pays-Bas) depuis 1998, il y dirige l'équipe de Biologie Structurale Informatique dont l'intérêt principal porte sur le développement d'approches bioinformatiques et de simulation pour la prédiction, la modélisation et l'analyse des interactions biomoléculaires à l'échelle atomique. Dans ce but, des données bioinformatiques, des informations structurales et des résultats issus d'expériences biochimiques ou biophysiques sont combinés pour guider les procédures de modélisation. Cette approche est implémentée et développée dans le logiciel de docking HADDOCK dédié à la prédiction de complexes biomoléculaires (http://haddock.science.uu.nl). Alexandre Bonvin a bénéficié en 2006 d'un prestigieux financement VICI du Dutch Research Council, il participe activement à plusieurs projets européens, parmi lesquels le FP7 WeNMR qu'il coordine.

Jacqueline Cherfils

JCherfils

Directrice de Recherche CNRS à l'École Normale Supérieure Paris-Saclay, elle y dirige l'équipe de Biologie Structurale des petites GTPases. Elle s'attache tout particulèrement à mieux décrire ce qui gouverne les fonctions des protéines Arf, Rab et Rho dans le traffic cellulaire et la dynamique du cytosquelette, et ce, dans des contextes normaux ou pathologiques. Son équipe utilise notamment la radiocristallographie par les rayons X pour la détermination des structures atomiques de ces protéines et de leurs régulateurs ainsi que des méthodes biochimiques pour l'analyse de leurs interactions avec d'autres protéines ou des membranes biologiques. Récemment, elle s'intéresse à l'activation de petites GTPases par des facteurs d'échange de nucléotides guanylique impliqués dans des cancers, des maladies des os et des infections, et à leur inhibition par de petits composés chimiques.

Christophe Chipot

Chris

Chris Chipot, a rejoint le CNRS en 1996 et a intégré l'université de Lorraine, ou il traville sur la modélisation des interactions protéin-membrane tout en développant des approches originales pour rationaliser l'énergie libre de différents phénomènes ainsi que pour explorer des évenements rares de ssytèmes biologiques complexes. Ses développements portent également sur la description précise des interactions intermoléculaires. Depuis 2012, il dirige le Laboratoire International Associé (LIA) établit entre le CNRS et les universités de Illinois et de Chicago. Il est également chercheurs au département de physique à Urbana-Champaign et développeur NAMD.

François Dehez

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Recruté en 2013 comme chargé de recherche au CNRS, il a rejoint le départmeent de chimie de l'université de Nancy. Ses thématiques de recherches sont focalisées les interactions entre bicouches lipidies et protéines, les mécanismes de transport au travers les membranes biologiques et le développement de nouvelles approches améliorant les interactions intermoléculaires dans les simulations de systèmes biologiques. Il intervient régulièrement dans le développement des fonctionalités de VMD (AlaScan). 

 Olivier Delalande

ODelalande

Maître de Conférences à la Faculté des Sciences Pharmaceutiques et Biologiques de Rennes et chercheur à l'Institut de Génétique et Développement de Rennes (IGDR), il participe activement depuis plusieurs années au développement de méthodes interactives pour la simulation de systèmes biomoléculaires. Ses travaux portent sur la détermination de la structure tridimensionnelle de biomolécules, sur l’établissement de relations structure-activité et sur l’étude des interactions entre biomolécules dans de grands assemblages du vivant. Il s’intéresse tout particulièrement aux processus moléculaires induits par des mutations génétiques et conduisant à des pathologies humaines. Son sujet d’étude principal concerne l’étude des interactions moléculaires dans le cas des dystrophies musculaires (myopathies).

Emmanuel Giudice

EGiudice

Maître de Conférences à la Faculté des Sciences de la Vie et de l'Environnement de Rennes et chercheur à l'Institut de Génétique et Développement de Rennes (IGDR), il étudie les propriétés structurales, mécaniques et dynamiques des macromolécules d’intérêt biologique en particulier de l’ARNtm, du ribosome et de la dystrophine. Son sujet d'intérêt principal porte sur l'étude des mécanismes régissant l’assemblage et la reconnaissance entre macromolécules (protéine, ARN, ADN) du ribosome bactérien, en combinant la microscopie électronique et la simulation numérique.

Adèle D. Laurent

ADL

Adèle Laurent, chargée de recherche du CNRS depuis 2012, a intégré l’équipe de Modélisation et Spectroscopie (ModES) du laboratoire CEISAM de l'université de Nantes. Elle a étudié les propriétés spectroscopiques de colorants (ESIPT dyes, BODIPY,..) et de photochromes (DASA) à l'aide de la TD-DFT/DFT, et ce, en employant différents modèles de solvants implicites et/ou explicites. Ses compétences en dynamique moléculaire et méthodes hybrides QM/MM lui permettent de développer ses thématiques de recherche dans le domaine des interactions protéine-protéine et la conception de modulateurs. Parmis les projets en cours la conception de composés anti-fongiques, la détection à l'aide marqueurs de lymphocyte B régulateurs intervant dans le non-rejet de greffe, l'étude d'interleukine et de ses recepteurs (inflammation, auto-immunité). Ces projets étant essentiellement financés par la région (PIRAMID, MesTransMed et Mim-Breg) et l'INCa.

Christian Ottmann

COttman

Maître de Conférences à l'Université Technologique d'Eindhoven (Pays-Bas), il étudie la modulation des Interactions Proteine-Proteine (PPIs) par de petites molécules et notamment la stabilisation des PPI de le la protéine adaptatrice 14-3-3. Il est impliqué dans de nombreux projets industriels ayant conduit à la découverte de nouveaux médicaments et est coordinateur de projets de partenariat Industrie-Académique (FP7 Industry-Academia Partnership and Pathways 14-3-3STABS et Horizon2020 European Training Network TASPPI). Avant son arrivée à l'Université d'Eindhoven, il a été directeur d'équipe au Chemical Genomics Centre (CGC - Max Planck) de Dortmund (Allemagne). En 2012 il a reçu le prix Innovation Award in Medicinal/Pharmaceutical Chemistry du GDCh/DPhG et, en 2013, le prix Young Chemical Biology Award de l'International Chemical Biology Society (ICBS). 

Jean-Yves Le Questel

JYLeQuestel

Professeur à l’Université de Nantes et responsable de l’équipe ModES (Modélisation Et Spectroscopie) de l’UMR CEISAM, ses travaux de recherche sont plus particulièrement consacrés à la quantification de la contribution de différents types d’interactions moléculaires (notamment liaisons hydrogène et liaisons halogène) à l’affinité de ligands d’intérêt agrochimique et thérapeutique pour leur cible. A travers la mise en œuvre de méthodes de modélisation moléculaire multiéchelle, il étudie la fixation de modulateurs compétitifs des récepteurs nicotiniques (nAChRs) d’insectes aux nAChRs, et plus récemment, dans le cadre d’un projet soutenu par la Région Pays de Loire (PIRAMID), aux caractéristiques structurales et énergétiques d’interactions protéine-protéine dans la perspective de concevoir des modulateurs originaux.

Didier Rognan

 DRognan 

Didier Rognan développe des approches intégrées à l'identification de nouvelles molécules bioactives allant du criblage in silico jusqu'à l'optimisation par chimie médicinale. Ses principaux axes de recherches sont: (i) l'accélération et la rationalisation de la découverte de molécules bioactives au moyen de méthodes in silico; (ii) l'optimisation de touches identifiées par criblage (in silico, expérimental) par chimie médicinale. Les développements sont tout particulièrement centrées sur la modulation allostérique d'interfaces protéine-protéine dans le contexte de maladies chroniques (maladies neurodégénératives, douleurs neuropathiques). Il a récemment créé une start-up (BIODOL Therapeutics) pour initier le développement clinique de molécules "first-in-class" pour traiter les douleurs neuropathiques périphériques.

 

Yves-Henri Sanejouand

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YHS est directeur de recherches au CNRS. Il travaille a l'UFIP où il s'intéresse à la relation structure-fonction, qu'il étudie de préférence avec des modèles aussi simplifiés que possible (http://yhs.free.fr/Articles.html).

Stéphane Téletchéa

S. Téletchéa 

Stéphane Téletchéa est enseignant-chercheur à l'université de Nantes dans le laboratoire d'Ingénierie et de Fonctionnalité des protéines (UFIP). Ses travaux de recherche sont organisés autour de l'étude des relations entre la séquence, la structure, et la fonction des protéines d'un point de vue fondamental (dynamique des macromolécules) et finalisé (criblage virtuel). Les travaux récents portent sur la compréhension moléculaire des interactions protéine-protéine pour une modulation de ces interactions dans une perspective pharmacologique. Ces travaux ont reçu le soutien de la région Pays de la Loire pour une durée de 5 ans, dans un consortium regroupant biologistes, chimistes et modélisateurs appelé PIRAMID.

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